Ključna razlika: Windows Mobile je družina operacijskih sistemov na pametnih telefonih in žepnih računalnikih. Podjetje je ukinilo Windows Mobile, pri čemer je končna različica operacijskega sistema Windows Mobile 6.5.5. Windows CE je operacijski sistem v realnem času za Microsoftove vgrajene sisteme. Znan je tudi kot Windows Embedded Compact, Windows Embedded CE ali WinCE.

Windows Mobile in Windows CE sta dve različni vrsti operacijskih sistemov za različne naprave. Windows Mobile je družina operacijskih sistemov za mobilne telefone, Windows CE pa je družina operacijskih sistemov za vgrajene sisteme.

Windows Mobile je družina operacijskih sistemov na pametnih telefonih in žepnih računalnikih. Windows Mobile je predhodnik sistema Windows Phone, ki je najnovejša serija operacijskih sistemov za pametne telefone. Podjetje je ukinilo Windows Mobile, pri čemer je končna različica operacijskega sistema Windows Mobile 6.5.5. Windows je postal priljubljen predvsem v žepnih računalnikih, kar je omogočilo poslovnežem, da ohranijo svoje vsakodnevne sestanke, dodajo sestanke, dostopajo do interneta in nekateri celo dovolijo uporabnikom telefonske klice. Windows Mobile je temeljil na jedru Windows CE in je bil uveden kot operacijski sistem Pocket PC 2000. Sistem je bil zasnovan tako, da je podoben namizni različici osebnega računalnika, zaradi česar so ljudje bolj znani. Windows Mobile je ponudil programske aplikacije s tržnice Windows.

Windows Mobile je imel številne funkcije, kot so: večopravilnost, zmožnost krmarjenja po datotečnem sistemu, Internet Explorer Mobile, Windows Media Player, Microsoft Office Mobile, Outlook Mobile in skupno rabo internetne povezave. Naprava je bila opremljena s pisalom in je imela uporovno tehnologijo na dotik, ki je zahtevala pisalo za vnos. Številne naprave so tudi olajšale navigacijo in tipkanje z uvedbo tipkovnic ali tipkovnic.

Windows CE je operacijski sistem v realnem času za Microsoftove vgrajene sisteme. Znan je tudi kot Windows Embedded Compact, Windows Embedded CE ali WinCE. Ta operacijski sistem je v osnovi lupina, ki jo Windows licencirajo izdelovalcem naprav, ki nato dodajo svoje komponente, kot so uporabniški vmesnik, gonilniki naprav, aplikacije in tako naprej. CE postane osnova, na kateri kupci gradijo lastne naprave in programsko opremo. Vgrajeni sistem je v bistvu računalniški sistem, ki ima funkcijo v večji mehanski ali električni napravi. Ti sistemi so lahko nameščeni na eni mikroprocesorski plošči. Vgrajeni sistemi se uporabljajo v potrošniški elektroniki, transportnih sistemih, medicinski opremi, varnostnih aplikacijah itd. Trenutna različica sistema Windows CE podpira platforme, kot so x86, MIPS, ARM in (SuperH do 6, 0 R2). Ti operacijski sistemi so zasnovani za naprave, ki imajo omejeno količino pomnilnika. Naprave je mogoče celo konfigurirati brez diskovnega pomnilnika kot "zaprt" sistem.

Uporaba CE potrebuje razvojna orodja, kot so: Platform Builder, Free Pascal in Lazarus, Visual Studio, Vdelani Visual C ++, CodeGear Delphi Prism, AutoHotkey, LabView, Basic4ppc, CodeGear Delphi Prism in GLBasic. Najnovejša izdaja podjetja je bila Windows CE 7.0 in se je začela marca 2011. Wikipedija navaja spremembe v najnovejši različici, kot so: podpora za večjedrne procesorje (SMP), Wi-Fi sistem za določanje položaja, podpora Bluetooth 3.0 + HS, DLNA (digitalni) Living Network Alliance), tehnologija DRM, protokol za prenos medijev, Windows Phone 7 IE s podporo za Flash 10.1, podpora NDIS 6.1, UX C ++ XAML API s tehnologijami, kot sta Windows Presentation Foundation in Silverlight za privlačne in funkcionalne uporabniške vmesnike, Posodobljena grafika na osnovi OpenGL ES 2.0, napredni vnos za dotik in gibanje, podpora jedra za 3 GB fizičnega RAM-a in podpira ARMv7 montažo.

	Microsoft Mobile	Windows CE
Podjetje / razvijalec	Microsoft	Microsoft
Programirano v	C ++	C
Družina OS	Windows	Windows CE
Začetna sprostitev	19. april 2000	16. november 1996
Podprte platforme	x86	x86, MIPS, ARM, (SuperH do 6, 0 R2)
Licenca	Lastniško (Microsoft EULA)	MS-EULA
Privzeti uporabniški vmesnik	Grafično	Microsoft licencira programsko opremo za proizvajalce originalne opreme, ki lahko nato ustvarijo lastne uporabniške vmesnike.
Delovno stanje	Prekinjeno (zamenjano z Windows Phone)	Trenutno
Izvorni model	Licenčna programska oprema	Licenčna programska oprema z zaprtimi viri
Posodobitve	Posodobitve izvaja samo Microsoft.	Posodobitve izvaja samo Microsoft.
Aplikacije	Aplikacije ustvarjajo podjetja za povezovanje in Microsoft.	Ne zahteva aplikacij.
Slog dotika	Stylus-centric, vendar novejši telefoni ponujajo kapacitivno tehnologijo.	Napredni vnos za dotik in gibanje.
Ponuja domačo podporo za	Pošta, izmenjava, stiki Outlook, koledar itd.	-
Število vlog	Omejeno število vlog.	-
Jezikovna podpora	Omejena jezikovna podpora	Večjezično