Ključna razlika: Atomi so osnovne enote, iz katerih je vsa materija sestavljena. Atomi različnih elementov se združijo in tvorijo molekule. To se zgodi s kemično reakcijo. Molekula je najmanjša količina kemične snovi, ki lahko obstaja. V bistvu je spojina vrsta molekule. Molekula je lahko sestavljena iz dveh ali več atomov istega elementa ali dveh ali več atomov različnih elementov. Vendar so spojine molekule, ki so sestavljene iz atomov različnih molekul.
Element je čista kemična snov, ki ima eno ali eno vrsto atoma, ki se odlikuje po atomskem številu. Atomsko število izhaja iz števila protonov, prisotnih v jedru elementa. Identificiranih je skupaj 118 elementov, razdeljenih med kovino, metaloide in nekovine. Vsak element ima svoj niz lastnosti. Večina elementov je na voljo na Zemlji, nekaj pa jih je umetno razvitih z jedrskimi reakcijami. Element je že v najbolj surovi obliki in ga ni mogoče dodatno razčleniti. Vse elemente lahko najdete v periodnem sistemu, navedenem po atomski številki.
Atomi različnih elementov se združijo in tvorijo molekule. To se zgodi s kemično reakcijo. Na primer: dva atoma vodika in en atom kisika združujeta molekule vode.
Molekula je najmanjša količina kemične snovi, ki lahko obstaja. Najmanjša količina vode je lahko molekula vode ali H20. Sestavljen je iz različnih atomov skupaj; zato ga lahko ločimo nazaj v različne atome.
Molekula ima lahko zelo različne lastnosti od elementov, iz katerih je narejena. Na primer: voda se obnaša zelo drugače kot kisik ali vodik, čeprav je sestavljena iz dveh vodikovih atomov in enega kisikovega atoma.
Poleg tega atom ne more obstajati neodvisno v naravi, ne da bi se vezal na nekaj. Nikoli ne bomo našli samo enega kisikovega atoma ali enega samega ogljikovega atoma. Vedno je povezan z nečim, kot je O2 (kisik) ali CO2 (ogljikov dioksid). Ko je vezana v molekulo, lahko molekula obstaja v naravi neodvisno, zato lahko vedno najdemo molekulo kisika, molekulo ogljikovega dioksida, molekulo vode (H2O) itd.
Molekule vedno težijo k združevanju, njihovi formaciji glede na njihovo stanje. Tako kot v plinastem stanju, so molekule le navdušene. V tekočem stanju so molekule običajno ohlapno združene, tako da se lahko še vedno premikajo. Medtem ko so v trdnem stanju molekule tesno pakirane skupaj in lahko samo vibrirajo.
Molekule so ponavadi predstavljene v molekulski formuli. Na primer: O2, H2O, CO2, C6H12O6 (sladkor). Molekularna formula je ime elementa, ki mu sledi število atomov elementa v molekuli.
V bistvu je spojina vrsta molekule. Molekula je lahko sestavljena iz dveh ali več atomov istega elementa ali dveh ali več atomov različnih elementov. Vendar so spojine molekule, ki so sestavljene iz atomov različnih elementov. Zato lahko rečemo, da so vse spojine molekule, vendar niso vse molekule spojine.
Torej so vodik (H2), kisik (O2), dušik (N2), voda (H2O), ogljikov dioksid (CO2) in metan (CH4) vse molekule. Vendar sta samo voda (H2O), ogljikov dioksid (CO2) in metan (CH4) spojine, druge niso.