Ključna razlika: encim je visoko selektivni katalizator, ki močno pospešuje hitrost in specifičnost presnovnih reakcij. Hormon je po drugi strani kemikalija, ki jo sprosti celica ali žleza v enem delu telesa, ki pošilja sporočila, ki vplivajo na celice v drugih delih organizma.

Encimi so velike biološke molekule, ki so odgovorne za tisoče kemičnih medsebojnih konverzij, ki se dogajajo hkrati v telesu. Sproščajo jih žleze, kot so trebušna slinavka, jetra, žolčnik itd. Njihova glavna funkcija je, da služijo kot katalizator za pospeševanje tako hitrosti kot tudi specifičnosti presnovnih reakcij, kot je prebava hrane ali sinteza DNK. Katalizator vpliva na kemijsko reakcijo s pospeševanjem, vendar ostaja kemično nespremenjen. Večino encimov sestavljajo beljakovine, vendar so nekatere molekule RNA.
Poleg pospeševanja se encimi še dodatno kontrolirajo. Encimi omogočajo, da se reakcije odvijajo pri zmernih temperaturah, kot je pri ljudeh 37 ° C (98, 6 ° F). Omogočajo tudi vklop in izklop reakcij po potrebi. Poleg tega ne proizvajajo nepotrebnih stranskih produktov, za razliko od večine spontanih reakcij. Skoraj vse kemijske reakcije v biološki celici potrebujejo encime, da se pojavijo s hitrostmi, ki so dovolj življenjske.
Na encimsko aktivnost pa lahko vplivajo tudi druge molekule, kot tudi temperatura, tlak, kemično okolje (npr. PH) in koncentracija substrata (sestavina reakcije). Veliko zdravil in strupov tudi upočasni delovanje encimov.
Hormon je kemikalija, ki jo sprosti celica ali žleza. Hormoni so kemična sporočila, katerih funkcija je prenos signala iz ene celice v drugo. Pošlje sporočila, ki vplivajo na celice v drugih delih organizma. Majhna količina hormona lahko učinkovito spremeni celični metabolizem.
Vsi večcelični organizmi proizvajajo hormone. Hormone povzročajo določeni organi v telesu, kot so nadledvične žleze, hipofize, trebušna slinavka itd. Izpustijo se neposredno v krvni obtok in vsak se sprosti za določen namen. Celice se v bistvu odzivajo na hormon, kadar izrazijo specifičen receptor za ta hormon.

Hormonske žleze sestavljajo endokrini sistem telesa in vplivajo na štiri osnovne kategorije fiziologije vretenčarjev. To so spolni razvoj in razmnoževanje, rast in razvoj tkiv in organov, uravnavanje razpoložljive energije in toplote ter uravnavanje notranjega ravnotežja telesa med koncentracijo vode in ionov.
V bistvu, hormoni delujejo kot glasnik informacij, ki urejajo čas in hitrost procesov, ki potekajo v telesu. Za razliko od encimov pa hormoni dejansko ne sodelujejo v kemijskih procesih; zagotavljajo le navodila, da so procesi potrebni. Tudi hormoni so sposobni potovati prek krvnega obtoka, kar pomeni, da lahko hormon TSH, sproščen v možganih, cilja na ščitnico v vratu. To je tudi v nasprotju z encimi, ki ostanejo v celici in se sproščajo, tako da upravljajo reakcije v sami celici.