Ključna razlika: DBMS se uporablja za shranjevanje podatkov v datotekah. V DBMS se lahko vzpostavi razmerje med dvema datotekama. Podatki so shranjeni v ravnih datotekah z metapodatki, medtem ko RDBMS shranjuje podatke v tabelarni obliki z dodatnim pogojem podatkov, ki uveljavlja odnose med tabelami. Za razliko od RDBMS, DBMS ne podpira arhitekture odjemalskega strežnika. RDBMS določa omejitve integritete in sledi normalizaciji, ki ni podprta v DBMS.

DBMS in RDBMS sta oba sistema za upravljanje, ki se nanašata na zbiranje programov, ki so potrebni za upravljanje baze podatkov. Kljub tej podobnosti se pojavljajo velike razlike med njimi. DBMS pomeni sistem za upravljanje baz podatkov, RDBMS pa pomeni sistem za upravljanje relacijskih baz podatkov; ti softwares so ustvarjeni za vzdrževanje in uporabo obsežnega zbiranja podatkov na učinkovit način. Sisteme za upravljanje baz podatkov je Charles uvedel leta 1960, medtem ko je sisteme relacijskih baz podatkov ustanovil dr. EFCodd iz IBM-ovega raziskovalnega laboratorija San Jose leta 1970.
DBMS upravlja veliko količino strukturiranih podatkov s prednostmi obdelave poizvedb, nadzorom dostopa do podatkov, souporabo podatkov in pravilnim iskanjem ter spreminjanjem podatkov. RDBMS je DBMS, ki shranjuje podatke v tabele; tabela je zbirka medsebojno povezanih podatkovnih vnosov in je sestavljena iz stolpcev in vrstic. Vsaka od teh tabel ima poseben identifikator ali "primarni ključ". RDBMS shranjuje tudi razmerje med podatki v obliki tabel. V hierarhičnem modelu podatkov DBMS je organiziran kot obrnjeno drevo; pri čemer ima vsak entitet samo eno nadrejeno vozlišče, vendar z možnostjo več vozlišč za otroke. V omrežnem modelu DBMS so entitete organizirane v grafu in so definirane poti za dostop do entitet. Pri relacijskem modelu podatkov je DBMS organiziran v dvodimenzionalne tabele, imenovane relacije in RDBMS temelji na tem relacijskem modelu. DBMS se šteje za RDBMS, če sledi 13 pravilom, ki jih definira Dr.EFCodd. Ta pravila so opisana kot

Pravilo 1: Vse informacije morajo biti predstavljene z vrednostmi v položajih stolpcev.
Pravilo 2: Vsaka vrednost mora biti dostopna.
Pravilo 3: Nične vrednosti je treba sistematično obravnavati.
Pravilo 4: Aktivni spletni katalog mora temeljiti na relacijskem modelu.
Pravilo 5: prisotnost vsaj enega celovitega jezika pri podpori definiciji podatkov, definiciji pogleda, obdelavi podatkov, omejitvah varnosti in integritete, mejah pooblastil in transakcij.
Pravilo 6: Sistem mora biti sposoben posodabljati teoretično posodobljive poglede.
Pravilo 7: Sistem mora podpirati vstavljanje, posodabljanje in brisanje visoke ravni.
Pravilo 8: Sistem mora imeti fizično neodvisnost podatkov.
Pravilo 9: Sistem mora imeti logično neodvisnost podatkov.
Pravilo 10: Omejitve integritete morajo biti navedene ločeno od aplikacijskih programov.
Pravilo 11: Razdelitev delov baze podatkov na različne lokacije mora biti uporabnikom nevidna.
Pravilo 12: Jezik nizke ravni se ne sme uporabiti za spodkopavanje ali zaobitje pravil integritete in omejitev, ki so izražene v relacijskem jeziku višje ravni.
DBMS se lahko uporablja za preproste aplikacije, medtem ko se lahko njegova naslednja generacija, tj. RDBMS, uporablja za kompleksne poslovne aplikacije. IBM-ov sistem za upravljanje informacij (IMS) je primer DBMS in Microsoft SQL Server je primer RDBMS.