Ključna razlika: Archaea so enocelični organizmi, ki nimajo jedra in sproščajo metan kot produkt presnove. Bakterije so enocelični organizmi, ki nimajo jedra, mitohondrijev, kloroplastov, golih protiteles in ER.
Organizmi so pomembni za naš obstoj kot ljudje in vsa druga živa bitja so se razvila iz njih. Organizme lahko razvrstimo v dve kategoriji: evkariont in prokariot. Prokariotske mikroorganizme lahko nadalje razvrstimo v tri domene: eukarja, bakterije in arheje. To lahko postane malce zmedeno, saj sta ti dve podobni videzom in ju je mogoče pogosto zamenjati glede na sam videz, čeprav se na različne načine razlikujeta drug od drugega.
Archaea je podobna bakterijam po obliki in velikosti; od tod izvira zmedenost, vendar imajo nekatere arheje zelo nenavadne oblike, kot na primer organizmi Haloquadratum walsbyi imajo ploske in kvadratne celice. Arheje so tudi najstarejši odkriti organizmi. V razponu so od 0, 1 mikrometrov do več kot 15 μm in se pojavljajo v različnih oblikah, vključno s kroglami, palicami, spiralami, ploščami, nagnjenimi celicami, igličastimi filamenti in pravokotnimi palicami. Čeprav je arhea podobna bakterijam, ima gene in presnovne poti, ki so podobne eukariotom, vključno s tremi RNA polimerazami. Archaea se za preživetje zanaša na eterne lipide v svoji celični membrani. Druga posebnost arhej je, da lahko preživijo v ekstremnih pogojih, kot so izredno vroča, izredno hladna ali zelo slano vodo. Tudi stene arhejskih celic nimajo peptidoglikana, ki je prisoten v bakterijah. V večini arhej je stena sestavljena iz beljakovin površinske plasti, ki tvorijo trdno paleto beljakovinskih molekul, ki pokrivajo zunanjo celico, podobno kot verižna veriga. Archaea pridobivajo energijo iz različnih virov, kot so sladkorji, amoniak, kovinski ioni, vodikov plin, sončna svetloba in ogljik, medtem ko proizvajajo dušik, metan, žveplovo kislino itd. Kot stranski produkt. Arheje se razmnožujejo z ukrepi, kot so binarna fisija, fragmentacija ali brstenje. Archaea je igrala in še vedno igra veliko vlogo v ciklu ogljika in ciklu dušika na Zemlji.
Bakterije so največje področje prokariontskih mikroorganizmov. Menijo, da so med prvimi življenjskimi oblikami, ki so se pojavile na Zemlji in so prisotne na večini habitatov, vključno s prebivanjem v telesih ljudi, živali in rastlin. Ocenjuje se, da na Zemlji obstaja približno pet neilijonskih (5 × 10 ^ 30) bakterij. Čeprav so bile prvotno bakterije obravnavane kot rastline, ki sestavljajo razred Schizomycetes, so zdaj uvrščene pod prokariote. Za razliko od celic evkariontov, bakterijske celice ne vsebujejo jedra in redko imajo membranske organele. Izraz „bakterije“ je množina nove latinske „bakterije“ in izhaja iz grškega βακτήριον (baktērion) in βακτηρία (baktēria), kar pomeni „osebje, trs“, ki se nanaša na obliko organizmov, ki so bili najdeni na čas. Izraz „bakterije“ je bil uporabljen za označevanje vseh prokariotov, čeprav je bil pozneje spremenjen, saj so nova odkritja odkrila razlike med organizmi.
Bakterije so običajno dolge nekaj mikrometrov, najdemo jih v različnih oblikah, vključno s kokami, bacili, vibriom, spirilo, spirohete in kubiko. Bakterijske celice so približno ena desetina velikosti evkariontskih celic in so običajno dolžine 0, 5–5, 0 mikrometra. Obliko bakterije določa celična stena in citoskelet, ki spreminja in prilagaja, da bi prejela ustrezna hranila, se pritrdila na površine, plavala skozi tekočine in pobegnila predatorjem. Bakterijska stena je obdana z lipidno membrano, ki obdaja in hrani hranila, beljakovine in druge bistvene sestavine citoplazme v celici. Kot prokarioti bakterije nimajo membransko vezanih organel in zato vsebujejo nekaj velikih intracelularnih struktur. Primanjkuje jim pravo jedro, mitohondrije, kloroplaste in druge organele. Imajo samo eno RNA polimerazo. Celična membrana vsebuje estrske vezi, celične stene pa iz peptidoglikana. Bakterije rastejo in se razmnožujejo s pomočjo binarne fisije.
Bakterije so pomemben del planeta in igrajo veliko vlogo pri recikliranju hranilnih snovi, kot je pritrjevanje dušika iz atmosfere in gnitje. Tudi v ekstremnih pogojih bakterije zagotavljajo hranila, ki so potrebna za ohranjanje življenja s pretvorbo raztopljenih spojin, kot so vodikov sulfid in metan. Tudi bakterije lahko škodujejo telesu, saj povzročajo različne bolezni pri ljudeh, kot so bolezni dihal, HIV, itd. Pri mnogih boleznih se antibiotiki uporabljajo za odstranjevanje škodljivih bakterij. Bakterije imajo tudi druge namene, kot so čiščenje odplak, razgrajevanje razlitja nafte, proizvodnja sira in jogurta, predelava zlata, paladija, bakra in drugih kovin.
